Los años finales del XVIII habían convertido a la Hermandad del Caído en una de las más importantes de la ciudad. Compartía el Jueves Santo con las cofradías de Jesús Humilde (Convento de la Merced), Jesús de la Sangre (Convento de la Victoria), el Santo Crucifijo (Magdalena), Jesús del Huerto (San Nicolás y San Eulogio de la Axerquía) y la Vera Cruz (San Pedro el Real); en la madrugada quedaba Jesús Nazareno. Pero este panorama queda truncado en los inicios del siglo XIX.
La invasión francesa provoca en 1808 el abandono del Convento de San José o San Cayetano por parte de la comunidad Carmelita. Asimismo, se suspenden los desfiles procesionales y las distintas hermandades quedan en estado de latencia. La salida de España de los franceses y el regreso de los Carmelitas en 1813 recuperan la normalidad para la Hermandad, que sigue saliendo cada Jueves Santo hasta 1818.
En 1818 se produce un enfrentamiento en plena estación de penitencia entre el hermano mayor y otros cofrades que participaban en el desfile. Las imágenes quedan abandonadas en la calle y habrán de ser miembros del Convento y algunos fieles quienes las retornasen a la Iglesia. Este suceso provoca la disolución de la Hermandad, aunque la procesión del Jueves Santo continúa celebrándose organizada por el colegio de escribanos.
Don Manuel Enríquez costea los cultos hasta la reorganización de la Cofradía en 1851, aunque ya en 1849 se había recuperado la procesión oficial del Viernes Santo y el Caído participó en ella a instancias del Ayuntamiento, no en vano, Córdoba era la única capital que no tenía desfiles procesionales.
La reorganización de la Cofradía vino dada por la escasez de recursos para presentar a Jesús Caído el Viernes Santo; por ello, cofrades del Alcázar Viejo acuden para llevarse la imagen y afrontar la procesión. Esto provoca la reacción el barrio de Santa Marina, cuyos vecinos se constituyen de forma espontánea en Hermandad, nombrándose al sacristán de Santa Marina, Francisco de Paula Valenzuela, hermano mayor. El Viernes Santo de 1851 Jesús Caído participa en la procesión oficial y comienzan a organizarse cultos a las imágenes con gran asistencia de fieles. En 1852 se incorpora a la procesión del Viernes Nuestra Señora del Mayor Dolor, acordándose vestir a la Virgen a la manera sevillana, con resplandor para la corona y manto de estrellas de en hoja de lata.
Si embargo, en 1859 el Obispo, don Juan A. de Alburquerque, expresa su idea de reducir el número de pasos en la procesión del Viernes y será la Hermandad de Jesús Caído una de las que sale del cortejo; esta circunstancia provoca un relativo aletargamiento de la Cofradía, llegándose incluso a proponer su conversión en sacramental con el fin de revitalizarla. El hermano mayor no recibe el apoyo necesario desde el Obispado y sólo los cultos mantienen cierta vigencia en la Hermandad.
En 1874 se reorganiza la Cofradía, nombrándose a don Manuel Taguas Reyes hermano mayor. La restauración monárquica propicia un auge de las celebraciones religiosas. La Hermandad se encuentra pujante, llegando a realizar estación de penitencia en solitario el Jueves Santo, además de participar en la procesión oficial del Viernes.
